مرکز مقابله با گودزیلا در سازمان ملل بقایای مگا-کینگ گیدورا را بازیابی کرده و مگاگودزیلا را به عنوان سلاحی برای مقابله با گودزیلا می‌سازد. در همین حال، یک تخم غول‌پیکر به همراه هیولای جدیدی به نام رودان کشف می‌شود. به زودی مشخص می‌شود که این تخم چیزی نیست جز نوزاد گودزیلاسوروس.

یک موجود فضایی مرموز شبیه به گودزیلا با سرعت به زمین نزدیک می‌شود. این هیولا که «گودزیلای فضایی» نامیده می‌شود، برای به چالش کشیدن پادشاه هیولاها روی زمین فرود می‌آید.

یک گودزیلای سوزان که در آستانه فروپاشی و انفجار است، برای محاصره هنگ‌کنگ ظاهر می‌شود. هم‌زمان، موجودات هولناک جدیدی در ژاپن کشف می‌شوند. به نظر می‌رسد این موجودات سخت‌پوست‌مانند، از ناوشکن اکسیژن متولد شده‌اند؛ همان سلاحی که گودزیلای اصلی را از بین برد.

در دنیایی که افراد بر اساس محل تولدشان مورد تبعیض قائل می شوند. یکی از ساکنین بخشدار سایتاما که بسیار مورد آزار و اذیت قرار گرفته است ، برای بهبود امور، اقدام به یک کارزار انقلابی می کند و ...
 

گروهی از یاکوزاهای پرشور و نیکوکار موافقت می‌کنند به یک دبیرستان بحران‌زده کمک کنند. اما آن‌ها حریف دانش‌آموزان بی‌حوصله و کادر آموزشی بی‌تفاوت مدرسه نمی‌شوند!

ریوزو و ۷ مزدور سابقش همگی از اعضای بازنشسته یاکوزا هستند که اکنون مانند پیرمردهای معمولی زندگی می‌کنند. یک روز، ریوزو قربانی یک کلاهبرداری فیشینگ می‌شود. او ۷ مرد خود را دور هم جمع می‌کند تا دوباره گروهشان را تشکیل دهند.

هاتوری ماتسوزاکی دانش‌آموز دبیرستانی است که به دوست دوران کودکی‌اش، ریتا تراساکا، علاقه دارد و معتقد است ریتا در نهایت او را به عنوان قهرمان زندگی‌اش انتخاب می‌کند. اما ریتا شروع به معاشرت با میهو آداچی می‌کند. در همین حال، محبوب‌ترین پسر مدرسه، کوسکه هیرومیتسو، به هاتوری علاقه‌مند می‌شود.

ماچیسو یک نقاش است. او هرگز به موفقیتی که فکر می‌کند حقش است دست نیافته است. با وجود این، او همیشه به تلاش خود برای موفق شدن ادامه می‌دهد. همسرش ساچیکو با وجود تمام ناکامی‌ها، همچنان از او حمایت می‌کند.

بشریت سرانجام خود را از شر گودزیلا خلاص می‌کند و او را در مقبره‌ای یخی در قطب جنوب به بند می‌کشد. همه چیز در آرامش است تا اینکه هیولاهای مختلفی برای نابودی شهرهای زمین ظاهر می‌شوند. بشریت که درمانده شده است، ظاهراً توسط نژادی از بیگانگان خیرخواه به نام «زیلین‌ها» نجات می‌یابد. اما همه چیز در مورد این بازدیدکنندگان عجیب آن‌طور که به نظر می‌رسد نیست. اگر بشریت می‌خواهد زنده بماند، باید با بی‌میلی منفورترین دشمن خود یعنی گودزیلا را دوباره زنده کند.

موترا و پری‌هایش به ژاپن بازمی‌گردند تا به بشریت هشدار دهند که باید کیریو را به دریا بازگردانند، چرا که مردگان نباید آشفته شوند. با این حال، گودزیلا جان سالم به در برده تا دوباره ژاپن را تهدید کند و کیریو را به عنوان تنها دفاع این کشور باقی بگذارد.

آکانه، خلبان نیروی دفاعی ژاپن، با ظهور یک گودزیلای جدید در تاتیاما با سرنوشت خود روبه‌رو می‌شود. به عنوان یک اقدام متقابل، سایبورگی به نام کیریو از بقایای گودزیلای اصلی ساخته می‌شود. مشخص می‌شود که این ماشین روح ناآرام هیولای اصلی را در خود دارد، در حالی که آکانه نیز باید یاد بگیرد که ارزش زندگی خود را دوباره پیدا کند.

همسر کاسوگا به اتهام قتل شاگرد محبوبش دستگیر می‌شود. او و خانواده‌اش تحقیق می‌کنند و متوجه می‌شوند که او توسط ناگوشی حریص، رئیس خانواده یاکوزای رقیب، به تله افتاده است. او باید برای انتقام گرفتن از ناگوشی تصمیمی جدی بگیرد.

یک هتل مجلل ژاپنی، ماهیرو اینوئه، وکیلی ماهر در برخورد با یاکوزا را استخدام می‌کند تا به آن‌ها کمک کند هتل خود را از شر اوباش محلی خلاص کنند تا بتوانند قراردادی برای برگزاری جلسه مقامات مهم خارجی ببندند.

یک فالگیر پیش‌گویی می‌کند که هر کس با یوکیوی زیبا ازدواج کند، حاکم جهان خواهد شد. طبیعتاً این موضوع او را در میان کسانی که برای قدرت رقابت می‌کنند، به ویژه لرد دونجوی حریص و طماع، بسیار محبوب می‌کند. تنها نینجا جوتارو می‌تواند جلوی نقشه دونجو را بگیرد، اما برای این کار ابتدا باید با گروه مرگبار «راهبان شیطانی» که در خدمت لرد هستند مبارزه کند. آیا جوتارو در ماموریت خود موفق خواهد شد؟ و اگر چنین شود، آیا یوکیو با او ازدواج خواهد کرد و او را به حاکم جهان تبدیل می‌کند؟

کارآگاه مشهور، کوسوکه کیندایچی، به جزیره‌ای فراخوانده می‌شود که در آنجا آخرین کلمات یک مرد در حال مرگ، او را به سمت تحقیق درباره مجموعه‌ای از قتل‌های مرتبط با افسانه «نوئه» و خاندان قدرتمند اوساکابه سوق می‌دهد؛ خاندانی که دوقلوها را در بدو تولد از هم جدا می‌کنند.

داستان یک پسر دبیرستانی (با بازی توشییوکی ناگاشیما) در توکیو که پس از مرگ پدرش به زادگاهش در ناگانو بازمی‌گردد.

یک دانش‌آموز دبیرستانی که در جنبش‌های دانشجویی اواخر دهه درگیر است، تلاش می‌کند تا از منطقه امن خود خارج شود و خود را وقف کار و تلاش کند.

مرد جوانی پس از بازدید از خانه روستایی و دورافتاده دوست‌دخترش ناپدید می‌شود. خواهر او و دوست‌پسرش رد او را تا آن عمارت ترسناک دنبال می‌کنند، اما جستجوی آن‌ها زمانی خطرناک می‌شود که از تاریخچه هولناک این خانواده پرده برمی‌دارند.

یوکا یک دختر خوش‌گذران اهل یوکوهاما است که توسط پدرخوانده‌اش ترغیب می‌شود تا با یک مدیر تجاری خارجی رابطه برقرار کند تا او بتواند یک معامله مهم را جوش دهد. ناکاهیرا تصویری هوشمندانه از یک زن مدرن و از نظر جنسی جسور ارائه می‌دهد؛ شخصیتی چالش‌برانگیز برای جامعه‌ای در حال تغییر اما همچنان مردسالار.